كما أن رمضان شهرٌ لتطهير الأرواح من الذنوب والزلات، فهو كذلك شهرٌ لتطهير الأجسام من السموم والآفات، حيث يساعد الجسم على التخلص من السموم، وكذلك من زوائد الدهون والشحوم.
حيث تتواجد السموم حولنا في كل مكان، وتتنوع مصادر هذه السموم سواء في الماء أو في الهواء أو حتى في الطعام، خاصة في المدن الكبيرة والصناعية الملوثة بعوادم السيارات والمصانع، وفى الطعام بسبب المبيدات والكيماويات والمواد الحافظة والنكهات والألوان الصناعية، بجانب تلوث المياه بصرف المصانع واختلاطها بمياه الصرف، وكذلك انتشار الفيروسات والجراثيم والميكروبات، بالإضافة إلى الأدوية التى تؤخذ بدون وصف الطبيب. ويتخلص الجسم من السموم بشكل أساسي من خلال الكبد، حيث يتم تحويل هذه السموم لمركبات غير سمية تذوب فى الماء، ومن ثم يتم إخراجها عن طريق الكلى إلى خارج الجسم، وبعض السموم يتعذر على الجسم إخراجها كليًّا فتتراكم بالجسم وتشكل خطرًا وضررًا كبيرًا وتهديدًا للصحة. والصيام بدوره يساعد الجسم بشكل عام وبعمليات متعددة على التخلص من هذه السموم بشكل أكبر، حيث أن الصيام يقلل من خطر دخول هذه السموم إلى الجسم، والتى تعد مصدرًا أساسيًّا لها، كما أن عدم تناول الطعام والماء في ساعات الصيام، يعطي فرصةً لأعضاء الجسم المختلفة للتخلص من السموم الموجودة فيه، بدلًا من الانشغال في هضم الطعام والتخلص من بقاياه، بالإضافة إلى كون هذه الساعات فرصةً لتجديد خلايا الجسم والأعضاء المختلفة، مما يزيد من كفاءة عملها. ويتم ذلك عادةً بعد دخول الجسم في مرحلة تُدعى المرحلة الكيتونية وذلك بسبب نفاذ مخزون الجسم من الكربوهيدرات، مما يضطره لحرق الدهون لتزويدنا بالطاقة. ومن خلال عملية حرق الدهون يتخلص الجسم من معظم السموم الموجودة فيه باعتبارها المخزن الرئيسي لهذه السموم.